ГУП «ГУИОН» является функциональным правопреемником ГУ «ГУИОН», созданного согласно распоряжению председателя КУГИ №425-р от 1 августа 1995 года.
2 августа того же года предприятие прошло государственную регистрацию. Отсчет своей современной истории ГУП «ГУИОН» ведет с 28 ноября 2005 года, когда было подписано постановление Правительства Санкт-Петербурга №1828 «О совершенствовании системы технического учета и технической инвентаризации объектов недвижимого имущества Санкт-Петербурга».
Однако традиции предприятия имеют гораздо более глубокие корни - 21 мая 1927 года Экономическое совещание РСФСР (ЭКОСО) приняло постановление «Об утверждении Положения об инвентаризации имущества местных Советов». Оно предопределило создание в системе коммунальных органов РСФСР специальных бюро технической инвентаризации (БТИ).
